Universitas Iskandar Muda mempunyai lambang yang terdiri dari tulisan Universitas Iskandar Muda Banda Aceh, Gajah putih dalam lingkaran yang bergerigi dan terletak di tengah-tengah atau di dalam perut bintang persegi lima, diapit setangkai padi yang berwarna kuning emas dan satu helai bulu ayam berwarna putih dan sebuah kitab yang selalu terbuka. Kesemuanya ini mempunyai arti simbolik yaitu :
- Iskandar Muda mengenang nama Sultan Aceh dan sekaligus seorang tokoh Nasional yang agung karena waktu pemerintahannya, Aceh mencapai kejayaan, kemegahan dan keadilan serta mampu mempersatukan seluruh rakyat Aceh dalam kemakmuran rakyat dan menentang penjajah.
- Banda Aceh, adalah Ibu Kota Kerajaan Aceh Darussalam pada masa jayanya didalam kepemimpinan Iskandar Muda dan sekaligus menunjukkan Ibu Kota Propinsi Daerah Istimewa Aceh dan tempat lahirnya Universitas Iskandar Muda.
- Gajah putih, adalah kendaraan yang dikendarai oleh Sultan Iskandar Muda dalam melaksanakan tugasnya untuk menantang penjajah, sekaligus menggambarkan unsur-unsur watak rakyat Aceh yang setia, penuh rasa kekeluargaan dan pengabdian.
- Lingkaran yang bergerigi, melambangkan kemajuan teknologi sekaligus tahun kelahiran Universitas Iskandar Muda yaitu tahun 1987.
- Butiran Padi, menunjukkan daerah Aceh adalah agraris dan sebagian besar penduduknya mempunyai mata pencaharian pokok bertani khususnya budidaya tanaman padi.
- Bulu Ayam, melambangkan alat tulis purba atau pena yang digunakan dalam mengembangkan ilmu pengetahuan.
- Kitab, melambangkan sumber ilmu pengetahuan yang selalu harus digali dan dikembangkan di Universitas dan di dalam masyarakat Aceh.
- Bidang bersegi lima, melambangkan Pancasila, azas negara yang menjadi pedoman bagi setiap langkah guna membina bangsa dan negara.